Kastamonu Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 17 Mart 2006 tarih ve 26111 sayılı kararla ve Yükseköğretim Kanunu’nun 19. maddesi gereğince kurulmuştur. Kastamonu Üniversitesi “Lisansüstü Eğitim-Öğretim ve Sınav Yönetmeliği” 04.03.2008 tarih ve 26806 sayılı Resmi Gazetede yayımlanarak yürürlüğe girmiş ve 2008-2009 Öğretim Yılı Güz Dönemi itibariyle yüksek lisans eğitimine başlanmıştır. Enstitü bünyesinde, Fen Edebiyat Fakültesi, Eğitim Fakültesi, Mühendislik ve Mimarlık Fakültesi, Su Ürünleri Fakültesi ve Orman Fakültesinin ilgili Anabilim Dallarına ait lisansüstü eğitimi veren programları bulunmaktadır.

Enstitüde yürütme görevini yapan Enstitü Yönetim Kurulu, Enstitü Müdürü, müdür yardımcıları ve enstitü kurulunca seçilmiş olan üç öğretim üyesi olmak üzere altı üyeden oluşmaktadır. Enstitü müdürünün başkanlığını yaptığı Enstitü Kurulu ise enstitü müdür yardımcıları ile anabilim dalları başkanlarından oluşmakta ve üst akademik organ olarak Yüksek Öğretim Kanunu ile fakülte kurullarına verilmiş olan görevleri enstitü bakımından yerine getirmektedir.

Enstitümüzde 10 profesör, 12 doçent, 39 yardımcı doçent olmak üzere 61 öğretim üyesi ile eğitim vermektedir.